vital.b, можно делать так, как Вы написали, для каждого поддомена своя группа в которой поисковики с разными регионами. Можно наоборот, для каждого региона сделать свою группу. Еще, для экономии ресурсов, можно создать только одну группу, в качестве цели указать site.ru и добавить необходимые ПС с регионами, в этом случае не будет четкого разделения по поддоменам, но зато существенно снизится количество запросов к ПС.