Заметил такую особенность, что у меня начали неправильно сниматься позиции (примерно с 24.09.2014, но возможно это началось и раньше, просто в этот день заметил сильные изменения позиций и их расхождения).
После того, как почистил куки Firefox (мой браузер по умолчанию), позиции после пересъёма стали отображаться реальные.
Видимо сработала персонализация (хотя галочка в профиле отключена). Да и вообще, всегда казалось, что программа снимает позиции через IE, не думал что куки Firefox могут повлиять.
Странная ситуация, тем не менее возьмите на заметку.